第一季结尾中，侯烨、塔塔、裘莎莎和朱志摩四人，意外收到了组织的录取通知书，各自都成为了新人特工训练局的一员。这一季的故事会为孩子们营造一个既神秘又神奇的“外星事务管理局”（简称BEA），这样一个历史悠久的，为了保护地球而设立的庞大机构。而侯烨等孩子们就是被这个神秘机构所选中，成为了实习小特工，见识到了各种令人尖叫的存在。孩子们随着主角侯烨的经历，体会成长的烦恼与欢乐，明白要有怎样的担当才能称为真正的成长，以及这份接踵而至的责任感。